Когда, закончив ремонт, сразу после Рождества "Индевор" отплыл из Батавии, судно уже потеряло семерых членов команды и более сорока были настолько серьезно больны, что не могли принимать участия в работе на корабле. А остаток команды, писал Кук, находился в плохом состоянии. Те семеро, которые умерли, были врач, Тупиа и его слуга, слуга астронома Грина и три моряка. Банкс очень тяжело заболел и спасся только тем, что дышал более прохладным и свежим воздухом гор и принимал огромные дозы хинина.

Когда Кук отправился из Батавии в Кейптаун, он должен был испытывать искреннее облегчение от мысли, что худшее осталось позади. Однако самое страшное было впереди. Дневники, в которых описывается это десятинедельное плавание между Батавией и мысом Доброй Надежды, представляют собой устрашающее чтение. Через четыре недели после отплытия из Батавии умер солдат морской пехоты, и в течение следующей недели - десять других членов команды, включая астронома Грина и рисовальщика-натуралиста Паркинсона. В феврале еще двенадцать членов команды умерли; это означает, что за одно сравнительно короткое путешествие из Индии в Африку четверть первоначального состава команды корабля умерла. В один особенно безнадежный момент путешествия оставалось всего двенадцать человек, способных выполнять работу на корабле, но и они были нездоровы.

Сам Кук, по-видимому, был чудесным образом невосприимчив к болезням, он, должно быть, обладал железным здоровьем. И в то же время он сам мог быть больным, но никогда не показывал вида и не упоминал об этом: когда ему почти оторвало правую руку пороховницей с черным порохом во время проведения съемок побережья Ньюфаундленда или позже, когда он был опасно болен воспалением желчного пузыря, он никогда не упоминал о своих страданиях и болях.

"Индевор" прибыл в Кейптаун 14 марта. Те, кто еще оставался серьезно болен, - их было около тридцати человек, - были сняты на берег и отправлены в госпиталь. Это значит, что теперь у капитана осталась половина его первоначальной команды, и на корабле было всего двадцать человек, способных делать корабельную работу. К счастью, Кук смог нанять новую команду в Кейптауне, чтобы доплыть на "Индеворе" в Англию.