В апреле Уэльс стал новым очагом мятежа. Король тем временем ухитрился скрепить союз между своими английскими сторонниками и шотландцами. И те и другие резко возражали против вмешательства военных в дела правительства. Началась вторая гражданская война, ознаменованная мелкими местными восстаниями в Уэльсе и вторжением шотландцев в Англию.

Вскоре, однако, выяснилось, что король и его приверженцы недооценили своих противников. В самой Шотландии пришлось заключать отдельное соглашение между роялистами, пресвитерианцами и ковенантерами, то есть теми шотландцами, которые поддерживали ковенант — договор пуритан с англичанами, направленный на защиту кальвинизма и независимости Шотландии и подписанный в 1643 году. К тому времени, когда все было наконец улажено, уже наступил июль. Валлийские бунты были беспощадно подавлены.

И если бы шотландские войска двигались быстрее, наверняка одержали бы блестящую победу, ибо в три раза превосходили англичан по численности. Но бездарные полководцы и плохое снабжение дали англичанам время собраться с силами. 17 августа 1648 года под городком Престон, что в графстве Ланкашир, разгорелась великая битва. Хорошо обученные английские войска буквально смели кавалерию и пехоту шотландцев и в непогоду, под проливным дождем, упорно преследовали их, пока обессиленный враг не сдался. В этот день Оливер Кромвель взял в плен десять тысяч Солдат, и многих казнили по его приказу.

Возмущенные поведением Карла I, фанатики в правительстве и армии взяли власть над парламентом и немедленно изгнали тех, кто придерживался умеренных взглядов, а также разогнали всю палату лордов. Потом нагло потребовали притянуть короля к суду за мнимые преступления против английского народа. Карл Стюарт был объявлен виновным по всем пунктам и обезглавлен в тридцатый день января года 1649. Наследник английского трона, живший при дворе сестры, королевы Голландии, узнал о казни отца несколькими днями позже, когда управитель с почтительным поклоном обратился к нему «ваше величество».