Изображения ее в Ахетатоне встречаются в два раза чаще, чем изображения ее супруга. Несмотря на то что на рисунках, где они вместе, ее фигура традиционно меньше фараоновой. Нефертити обычно запечатлена в царском одеянии - калазирисе, в так называемом нубийском парике, состоящем из пяти рядов косичек или локонов, в фараонской двойной короне, в знак власти над Верхним и Нижним Египтом, украшенной особым знаком в форме змеи. Зато на главном алтаре главного храма Атона высечены такие слова: "Чистая руками, великая супруга царя, возлюбленная им, владычица Обеих Земель, Нефертити, да живет она! Любимая великим и живым Солнечным Диском Атоном, который пребывает в празднике, она гостит в храме Солнечного Диска в Ахетатоне". На рисунке, который сопровождает эта надпись, Нефертити приносит жертву и подносит дары Солнцу-Атону с лучами, заканчивающимися ладонями. Ее супруг Эхнатон при этом вообще отсутствует!

Более того, существует ряд классических изобразительных сюжетов, где в центре композиции присутствует торжествующий и карающий фараон. Но ни в коем случае не царица. Например, фараон держит врага одной рукой за волосы, а другой поражает его палицей. Это ритуальное оружие в египетском религиозном искусстве считалось средством не столько наказания, сколько очищения. И сюжет мог означать не только реальную военную победу над врагом, но и быть аллегорией мифа. Например, царь в виде бога Гора мстит богу Сету за смерть своего отца Осириса. Другой сюжет: фараон побивает своей палицей целые вереницы коленопреклоненных пленных. Это в ряде случаев символизировало победу света над мраком.

Так вот, в амарнском изобразительном искусстве в центре этих "мужских" сюжетов - царица Нефертити! На других изображениях можно видеть царицу, правящую колесницей, и на нее нисходят лучи божественного светила; Нефертити, сжимающую в руке скипетр, символ верховной власти; Нефертити, приносящую жертвы Атону... На пограничных стелах ее называют "той, кто находит Атона", то есть она совершенно тождественна Эхнатону.