Проект получил поддержку в лице военного руководства, поскольку уже были известны планы американцев о создании военной орбитальной станции «МОЛ», а маневрирующий космический перехватчик «Союз–П» был бы идеальным средством для борьбы с такими станциями.

Однако из–за общей перегруженности проектами ОКБ–1 пришлось отказаться от заманчивой военной программы. В 1964 году все материалы по «Союзу–П» были переданы в филиал № 3 ОКБ–1 при Куйбышевском авиазаводе «Прогресс». В то время филиал возглавлял ведущий конструктор Дмитрий Ильич Козлов. «Союз–П» был не единственной разработкой военного назначения, переданной в филиал. Здесь, в частности, создавались спутники фоторазведки «Зенит–2» и «Зенит–4».

Первоначально предполагалось, что «Союз–П» будет обеспечивать сближение корабля с вражеским космическим объектом и выход космонавтов в открытый космос с целью обследования объекта. Затем, в зависимости от результатов осмотра, космонавты либо выведут объект из строя путем механического воздействия, либо «снимут» его с орбиты, поместив в контейнер корабля.

По здравому размышлению от такого технически сложного и опасного для жизни космонавтов проекта отказались. В то время практически все советские спутники снабжались аварийной системой подрыва, страхующей его от захвата. Адекватных действий ожидали и от потенциального противника, потому резонно заключили, что при таком варианте космонавты могут стать жертвами мин–ловушек.

Теперь предполагалось создать корабль «Союз–ППК» («Пилотируемый перехватчик») на двух космонавтов, оснащенный восемью небольшими ракетами. Изменилась и схема действия системы. По–прежнему корабль должен был сблизиться с космическим аппаратом противника, но теперь космонавты не должны были покидать корабль, а визуально и с помощью бортовой аппаратуры обследовать объект и принять решение об его уничтожении. Если такое решение принималось, то корабль удалялся на расстояние километра от цели и расстреливал ее с помощью бортовых мини–ракет.