XVI в. На северо-западе Халхи образуется государство Алтан-ханов. В Забайкалье из Тибета проникает и начинает распространяться буддизм.

XVI–XVII вв. Образованы три монгольских государственных объединения: Халха-Монголия, Южная Монголия, Ойрато-Джунгарское ханство. Забайкалье входило в состав Халхи, которая, в свою очередь, делилась на владения Цецен-ханов, Тушету-ханов и Дзасакту-ханов. Западное Забайкалье было в составе Тушету-хана, а восточное – Цецен-хана.

1648. Хоринские «братские люди» (одиннадцать родов) добровольно приняли подданство Белого Царя.

1653. По указанию Сибирского приказа на Иргене озере служилыми людьми во главе с землепроходцем Петром Бекетовым основан Иргенский острог. Этот год считается годом присоединения Восточного Забайкалья к Российскому государству.

1689, август. Подписан Нерчинский договор между Российским государством и Маньчжурской Циньской империей. Формально Забайкалье закреплено за Российским государством и установлена граница по р. Аргунь между Россией и Китаем, хотя территории по этой реке не принадлежали ни одной из этих держав.

1703. Бурятия по договору, подписанному Петром I, добровольно вошла в состав Московского государства.

1712. Из Монголии в Забайкалье для ведения миссионерской деятельности прибыли 150 тибетских и монгольских лам.

1741. Ее Императорское Величество Императрица Елизавета Петровна Высочайше утвердила покровительство государства Российского над буддийской религией. Этот год стал годом признания буддизма как официальной религии. В этом же году построен Гусиноозёрский дацан.

1897. В Чите вышла первая всебурятская газета «Жизнь на восточной окраине» на русском и бурятском языке.