
На этот раз Яков II удостоил вниманием своего подданного: пожаловал ему рыцарское звание «за добрые и честные услуги» и наградил двумя медалями. Третью медаль Фиппс получил от благодарных компаньонов.
На свою беду Фиппс был пожалован должностью губернатора Массачусетса и генерал-губернатора Мэна и Новой Шотландии.
В этом качестве ему пришлось вести войну с французскими колониями в Америке. Однако военачальник из Фиппса не получился. Побежденный, запутавшийся в долгах и преследуемый врагами, он вновь отправился в Лондон за помощью. Однако поддержки он не получил и был арестован за неуплату долга и заточен во Флитскую тюрьму. Измотанный тропической лихорадкой, униженный, Фиппс не вынес тюремного заключения и скончался 18 февраля 1695 года, едва достигнув сорока четырех лет. Хоронили Фиппса за счет королевской казны. Текст эпитафии на мраморном памятнике гласил: «Здесь покоится рыцарь сэр Уильям Фиппс, который благодаря своей неистощимой энергии обнаружил среди скал Багамских отмелей, к северу от Эспаньолы, испанский галеон, пролежавший сорок четыре года на дне моря: он извлек золото и серебро на сумму, достигавшую 300 тысяч фунтов стерлингов, и с присущей ему честностью доставил эти сокровища в Лондон, где они были поделены между ним и другими компаньонами.
