Но жизнь Филиппа пришлась на время правления Ивана Грозного. Сначала царь жаловал монастырь колоколами, иконами, ризами, деньгами. На постройку соборной церкви Преображения Грозный послал тысячу рублей - сумма по тем временам огромная. Несколько раз царь вызывал Филиппа в Москву для совета. В 1566 году он сделал соловецкого игумена митрополитом всея Руси. Но Колычев, сам боярин по рождению и духу, начал открыто выступать против всесилия опричнины. Скоро он нажил себе врага - беспощадного Малюту Скуратова. В этой борьбе победил Малюта. Грозный сослал опального митрополита в Тверской монастырь, лишив его церковного сана. В Соловки же прибыла следственная комиссия из церковников и бояр. "Все они хотя и не имели причин враждовать на Святого (так летописец называл Филиппа), однако не устыдились, подобно всем временщикам и льстецам, ищущим не общественного блага, но токмо личных выгод, для коих они всегда готовы попрать веру и добродетель, лестью и посулами почестей склонили игумена Паисия и других соловецких старцев на составление ложных показаний; посему они тогда же взяты в Москву для мнимого обличения Святого Филиппа, а монастырская сумма и ризница по описи запечатана была впредь до разрешения".

Через год Иван Грозный признал обвинения ложными. Он немилосердно расправился с клеветниками, хотел сам идти к Филиппу с покаянием, но опоздал. Опередив царя, Малюта тайно задушил Колычева.

Деятельность Филиппа для Соловецкого монастыря не прошла даром. При нем монастырь стал крупнейшим поставщиком соли на Руси. Соловки отправляли ее в Холмогоры, Великий Устюг, Вологду. Имея большой флот, они успешно торговали с английскими, голландскими, немецкими купцами.

Когда на морском горизонте появилась эскадра шведов, монастырь мужественно встретил захватчиков. Обеспокоенный за судьбу Русского Севера, Иван Грозный послал на Соловки пушки, огнестрельное оружие, порох, наказал создать особое стрелецкое войско и во главе его поставил московского воеводу.