Начали появляться статьи и книги с критикой отчета. Авторы этих критических работ не имели возможности провести такое же длительное расследование, какое провела Комиссия Уоррена. Но у них были теперь в руках протоколы допросов и прочая документация, включенные в 26 томов приложений. Внимательное прочтение позволяло сопоставлять имеющиеся улики, анализировать информацию и вскрывать слабость аргументации, на которой базировались многие выводы Комиссии.

Большую известность приобрела книга Марка Лэйна «Скорый суд» (см. библиографию). Отвергнутая поначалу десятком издательств, по выходе в свет осенью 1966-го она немедленно заняла первое место в списке бестселлеров и удерживала его почти шесть месяцев. Лэйн был приглашен матерью Освальда (Маргаритой Освальд) представлять интересы ее покойного сына. Лэйн считал, что вина Освальда не была достаточно доказана, что Комиссия, уже приступая к расследованию, заранее считала его главным и единственным убийцей. Любые показания, противоречившие этой версии, утверждал Лэйн (и доказывал это протоколами допросов), указывавшие на возможность участия других людей в покушении, Комиссией не принимались, искажались, ставились под сомнение. Линии расследования, которые могли бы привести к обнаружению сообщников Освальда или Руби, искусственно обрывались.

В том же 1966 году вышла книга другого независимого автора, Эдуарда Эпштейна — «Расследование». Ее выводы: отчет Комиссии Уоррена составлялся под сильным давлением политических интересов различных групп, и это давление привело к искажению правды.

Бывший следователь сенатской комиссии Гарольд Вайсберг озаглавил свой труд «Заметание следов». Он расследовал замешанность государственных учреждений в событиях, приведших к убийству президента, и попытки скрыть следы этой замешанности. Печатать такую книгу никто не хотел, так что автору пришлось выпустить ее в виде переплетенной машинописи. (В таком виде она и стоит на полках нескольких университетских библиотек.)