С приходом в НКВД СССР Л.П.Берия и после проведения чистки ежовских кадров как в центре, так и на местах, расстановка руководства НКВД СССР была следующей:

Л.П.Берия — нарком внутренних дел СССР;

В.Н.Меркулов — 1 зам. НКВД СССР и начальника ГУГБ НКВД СССР;

И.И.Масленников — зам. НКВД СССР по войскам;

В.В.Чернышев — зам. НКВД СССР и нач. ГУЛАГА;

С.Н.Круглов — зам. НКВД СССР по кадрам.

16 декабря 1938 г. первым заместителем наркома ВД СССР был назначен комиссар гб 3 ранга В.Н.Меркулов, а 17 декабря 1938 г. он стал начальником ГУГБ НКВД СССР. Его заместителями были назначены комиссар гб 3 ранга В.Г.Деканозов (начальник 3 и5 отделов ГУГБ) и старший майор гб Б.З.Кобулов (начальник 2 отдела ГУГБ).

22 декабря 1938 г. была организована Следственная часть (Следчасть) НКВД СССР. Начальником стал по совместительству Б.З.Кобулов

20 февраля 1939 г. 2 спецотдел НКВД СССР был разделен на два самостоятельных отдела:

Отдел оперативной техники (2 спецотдел НКВД СССР, начальник — Е.П.Лапшин);

Отдел лабораторий (4 спецотдел НКВД СССР, начальник — М.П.Филимонов).

Постановлением СНК СССР № 245 от 28 февраля 1939 г. заместителями наркома внутренних дел СССР были назначены: комбриг И.И.Масленников (по войскам); майор гб С.Н.Круглов (по кадрам).

8 марта 1939 г. ГУПВВ НКВД СССР было разделено на шесть главных управлений:

Главное управление погранвойск (ГУПВ) НКВД) СССР (начальник — Г.Г.Соколов);

Главное управление войск НКВД СССР по охране ж.д. сооружений (А.И.Гульев);

Главное управление войск НКВД СССР по охране особо важных предприятий промышленности (Е.В.Козик);

Главное управление конвойных войск НКВД СССР (В.М.Шарапов);

Главное управление военного снабжения (ГУВС) НКВД СССР (А.А.Вургафт);

Главное военно-строительное управление войск (ГВСУ) НКВД СССР (И.С.Любый).