Сначала многие латыши, литовцы и эстонцы видели в Красной Армии защиту от германской агрессии. Рабочие были рады открытию предприятий, бездействовавших из-за мировой войны и вызванного кризиса. Однако вскоре, уже в ноябре 1940 года, население Прибалтики оказалось полностью разорено. Тогда местные валюты приравняли к рублю по резко заниженным курсам. Также национализация промышленности и торговли привела к инфляции и дефициту товаров. Перераспределение земли от более зажиточных крестьян к беднейшим, принудительное переселение хуторян в деревни и репрессии против духовенства и интеллигенции вызвали вооруженное сопротивление. Появились отряды «лесных братьев», названные так в память о повстанцах 1905 года. И уже в августе 1940 года начались депортации евреев и других нацменьшинств, а 14 июня 1941 года очередь дошла и до литовцев, латышей и эстонцев. Накануне Великой Отечественной войны из Эстонии было депортировано 10 тыс. человек, из Литвы – 17,5 тыс. человек и из Латвии – 16,9 тыс. человек.

Захват Советским Союзом стран Прибалтики принципиально ничем не отличался от захвата Германией Австрии в 1938 году, Чехословакии в 1939-м и Люксембурга и Дании в 1940-м, также осуществленного мирным путем. Факт оккупации (в значении захват территории против воли населения этих стран), являвшийся нарушением норм международного права и актом агрессии, был признан преступлением на Нюрнбергском процессе и вменен в вину главным нацистским военным преступникам. Как и в случае с Прибалтикой, аншлюсу Австрии предшествовал ультиматум о создании в Вене прогерманского правительства во главе с нацистом Зейссом-Инквартом. И уже оно пригласило в Австрию германские войска, которых ранее на территории страны вообще не было.