Рейсы самолетов связывают Новосибирск (аэропорт «Толмачево») с городами Анадырь, Белоярск, Благовещенск, Братск, Владивосток, Иркутск, Красноярск, Надым, Нижневартовск, Новый Уренгой, Санкт-Петербург, Сургут, Хабаровск, Ханты-Мансийск, Южно-Сахалинск, Андижан, Баку, Ташкент, Сеул, Стамбул, Пекин, Тель-Авив, Франкфурт-на-Майне.

Рейсы в Ноябрьск, Стрежевой, Ханты-Мансийск, Кагалым, Абакан, Кызыл выполняются из аэропорта «Новосибирск-Северный».

Поезда дальнего следования отправляются из Новосибирска в Адлер, Алматы, Анапу, Барнаул, Бийск, Брест, Волгоград, Воронеж, Иркутск, Кисловодск, Красноярск, Лену, Москву, Нижневартовск, Нижний Новгород, Новокузнецк, Омск, Пекин, Пензу, Рубцовск, Северобайкальск, Симферополь, Томск, Улан-Батор, Улан-Уде, Хабаровск, Харьков, Челябинск, Читу. Скоростные электропоезда повышенной комфортности идут в соседние города региона Барнаул, Новокузнецк, Омск, Татарск, Томск.

В области хорошо развита сеть автобусных маршрутов, в соседние регионы также можно добраться этим видом транспорта (см. раздел «Новосибирск. Как добраться»).

Через Новосибирск проходят две автомагистрали федерального значения: М51 «Байкал» (Москва-Владивосток) и М52 (Новосибирск-Бийск). Кроме того, от столицы области начинаются три межобластные автодороги: Новосибирск-Ленинск-Кузнецкий, Новосибирск-Кочки-Павлодар, Новосибирск-Колывань-Томск. На всех дорогах достаточно автозаправочных станций, станций техпомощи, придорожных кафе и закусочных.