В туннель начал просачиваться вместе с водой сероводород, воспламенявшийся от газовых светильников, а внезапный прорыв речной воды и вовсе приостановил работы. Брунель-младший неоднократно опускался в водолазном колоколе на дно Темзы. Ему удалось засыпать грунтом место прорыва, откачать воду из туннеля и возобновить работы. Но после второго прорыва, когда погибли трое рабочих, а сам Брунель был тяжело ранен, строительство надолго прекратилось.

Вообще тяжелые аварии с человеческими жертвами преследовали Брунеля, но виноват он был лишь в том, что шел впереди своего времени. Не раз ему приходилось рисковать и собственной жизнью ради претворения на практике своих замыслов.

Изомбард Брунель занялся конструированием газовой машины, получив от британского Адмиралтейства значительную сумму денег на эту работу. Намного опережая современное ему инженерное мышление, он смело ломал сложившиеся в технике стереотипы. Давление в отдельных элементах его машины достигало 100 атмосфер, а паровые машины того времени питались паром с абсолютным давлением не более двух атмосфер, причем повышение давления до трех уже считалось опасным для жизни. Газовая машина Брунеля была отвергнута, а ее опытный образец так и остался никому не нужным музейным экспонатом. Потерпев ряд неудач, он записал в своем дневнике: «Я еще стану примером для подражания».

Счастье улыбнулось Брунелю, когда в 1831 году был объявлен конкурс на проект моста через реку Эвон в Клифтоне близ Бристоля. Его проект подвесного моста занял первое место, но строительство было завершено только в 1864 году, после смерти Брунеля. В 1841-1845 годах он успел построить Хангерфордский подвесной мост в Лондоне.

Имя инженера Брунеля приобрело широкую известность в Англии, и в марте 1833 года в возрасте 27 лет ему было сделано весьма лестное предложение возглавить проектирование и строительство «Грейт-Вестерн Рэйлвэй» — Великой Западной железной дороги от Бристоля до Лондона.