В состав комитета вошли сотрудники МВД, Минюста, прокуратуры и представители церкви. В основном – православной, хотя из политкорректности мусульмане, иудеи, буддисты, католики, протестанты и баптисты могли участвовать в работе комитета на правах совещательного голоса.

В дальнейшем православное духовенство за каких-то два года полностью перевело на себя руководящую роль в Спецгоскомитете. Сегодня новая структура в открытую управляется и финансируется Русской Православной Церковью с молчаливого согласия государства. Популярное в наши дни название «Анафема» сначала считалось неофициальным и применялось в основном журналистами, но уже через год так называли Спецгоскомитет по религии даже президент и правительство страны.

Работники Спецгоскомитета стали называться контроллерами. В штате Анафемы числилось достаточно опытных следователей и несгибаемых прокуроров, у которых неожиданно оказались развязаны руки. Борьба с сектантами вышла на совершенно новый уровень. Изначально перед СГКР не стояла задача силового противодействия, но разгул сатанистов в конце «нулевых» и появление у многих сект собственных охранных структур привели к образованию в Анафеме боевых подразделений (так называемая «новая опричнина»). Методики их подготовки покрыты тайной, и тайна эта серьезно охраняется. Известно лишь, что суровые условия жизни, монашеское послушание и истовая вера сделали «опричников» настоящими бойцами – преданными, бесстрашными и не задающими лишних вопросов. Правая оппозиция пыталась инициировать парламентские слушания о правомочности подобных подразделений, но ни одна подобная акция успеха не имела.

Со времени создания Анафема значительно расширила свои функции. Начав с выявления авторитарных, мошеннических сект и внутренних расследований в самой Русской Православной Церкви (греховное обогащение, растление малолетних, младостарчество, ересь), сегодня новая спецслужба переняла от МВД и многие светские дела.