Примерно в 00.30 командир С-80 доложил берегу метеообстановку: шторм – 6 баллов, температура воздуха – минус 5 градусов. И никаких сведений о проблемах на борту. Дальше следует необъяснимое – в момент движения под РДП, при наивысшей готовности, ночью, в шторм оба командира (основного и резервного экипажей), а также другие офицеры собрались в кают-компании второго отсека за накрытым столом. В центральном посту остались вахтенный офицер и старпом, а командир БЧ-5, механик, ушел в шестой отсек.

Катастрофа развивалась стремительно. Лодку сильно качало, и в какой-то момент боцман, управлявший рулями, не смог удержать глубину. Волна захлестнула воздушную магистраль шахты РДП, скованный льдом поплавковый клапан не сработал. Глубина, на которой оказалась С-80, превышала перископную, и море по воздуховоду диаметром 450 мм устремилось в лодку.

Поступление воды заметили примерно на 10-й секунде аварии. Обнаружили поздно, как считают эксперты, из-за того, что шахта заканчивалась под палубным настилом. К тому же грохот дизеля заглушил шум водного потока. Вода заполнила носовой и кормовой трюмы, линия вала шинно-пневматической муфтой разбрызгивала ее по отсеку. Дизелю уже не хватало воздуха, и в отсеке создавался вакуум. В 01.27 правый дизель пришлось отключить. Левый не был включен. Гребные винты, толкавшие лодку со скоростью 5,3 узла, остановились.

Просчет одного моряка не может погубить современный корабль. К несчастью, последовали и другие ошибки. Чтобы закрыть воздушную захлопку РДП, требовалось повернуть рукоятку в положение «закрыто». Но в суматохе трюмный (из «приписных» моряков) спутал манипуляторы – их было несколько, расположенных вблизи друг от друга, да еще и не имевших указателей предназначения. В результате захлопка не сработала, вода рвалась в отсек, создавая для лодки угрожающий дифферент на корму.