«Трешер» был передан ВМС США в августе 1961 года. Вскоре лодка прошла первые морские испытания, на которых выявился ряд существенных конструктивных недостатков. Во время первого глубоководного погружения в мае 1961 года измерительные приборы показали большие перегрузки в месте соединения носовой эллиптической части с цилиндрической частью корпуса. Через 11 месяцев после передачи лодки флоту она была поставлена на капитальный ремонт, длившийся 10 месяцев.

На следственной комиссии при выяснении причин гибели «Трешера» установлено, что ремонтные работы проведены на нем крайне небрежно и некачественно. Многочисленные неисправности жизненно важных устройств и систем корабля обнаруживались вплоть до самого выхода подводной лодки на повторные глубоководные испытания. По поводу причин гибели «Трешера» газета «Нью-Йорк таймс» 11 января 1965 года писала в своей редакционной статье:

«Доклад конгресса о фактах, скрывающихся за гибелью подводной лодки «Трешер», это, по существу, обвинение военно-морского флота в технической некомпетентности. Он говорит о возможности того, что люди, погибшие в результате трагедии с «Трешером», оказались жертвой халатности и нежелания правильно во всем разобраться, проявленных на морской верфи в Портсмуте, откуда злополучной подводной лодке разрешили выйти в море, хотя было известно о значительных дефектах в ее оборудовании. Расследование обстоятельств гибели «Трешера» подняло также серьезные вопросы (безопасности и качества строительства других кораблей, входящих во флотилии атомных подводных лодок, являющихся основой обороны Соединенных Штатов».

Следует указать, что и другим авторам не удается, как бы они этого ни хотели, обойти вопрос о недостаточной надежности материальной части подводных лодок. Особенно показательны в этом отношении записки Э. Бича — командира подводной лодки «Тритон», плавание которой сопровождалось многочисленными докладами о неисправности материальной части.