Томск основан в 1604 г. В тот год царь Борис Годунов по просьбе князя Тояна, главы небольшого племени томских татар, послал наказ сургутским воеводам построить крепость на землях Тояна. Отряд казаков во главе с воеводами Гаврилой Писемским и Василием Тырковым в июне 1604 г. высадился на берегу Томи в устье ее левого притока Ушайки и начал строить крепость, которую завершил 27 сентября.

В течение XVII в. Томск был военной крепостью, откуда уходили отряды казаков на захват и присоединение к Русскому государству новых земель. Томские казаки основали Кузнецкую крепость на Томи, города Ачинск, Красноярск, Енисейск. В 1636 г. отряд под предводительством Дмитрия Копылова ушел далеко на восток, в Якутию, основал там Бутальское зимовье, а один из томских служилых людей, Иван Москвитин, первым среди русских вышел на берег Тихого океана. Из Томска отправилось несколько дипломатических миссий в Монголию и Китай, одна из них, возглавляемая Василием Старковым, привезла на Русь неведомый дотоле чай.

Хлебопашество и различные ремесла оставались уделом приписанных к городу крестьян, а также посадского населения. Однако сам город до начала XVIII в. представлял собой скученные, бессистемные постройки. Дома и церкви строили наспех, повинуясь приказу, а не внутренней потребности. Город часто подвергался нападениям кочевников, крепость не раз горела и восстанавливалась. Становление городского сообщества связано с объединением ради бунта против воевод. Только бунтом можно было добиться царева жалованья, как это происходило во время волнения 1637 г. и городского восстания 1648 г.