Попасть в Томскую область легче всего самолетом из Москвы, Краснодара, Уфы, Нижневартовска, Сургута, Омска, Владивостока, Стрежевого, Кедрового.

Аэропорты есть в Колпашево, Александровском, Каргаске, Парабели, Среднем Васюгане, но регулярных рейсов туда нет. Периодически летают самолеты нефтяников, газовиков или спецрейсы по заказу в период распутицы.

Протяженность железной дороги на территории области всего 402 км. Главная ж/д линия Тайга – Томск – Белый Яр соединяет область с Транссибирской ж/д магистралью.

Поезда из Москвы, Новороссийска, Барнаула, Новокузнецка, Харькова. Прицепные вагоны: из Кисловодска, Красноярска, Абакана, Бийска, Читы, Владивостока.

Автобусным сообщением Томск связан с Абаканом, Анжеро-Судженском, Кемерово, Красноярском, Мариинском, Междуреченском, Киселевском, Новосибирском, Павлодаром, Семипалатинском, Усть-Каменогорском, Юргой. Кроме того, через каждые полчаса на Новосибирск отправляются микроавтобусы.

Главная транспортная артерия в области – река Обь с ее крупными притоками Томью, Чулымом, Кетью, Васюганом и Парабелью. По ним осуществляется связь Томска со всеми районами и соседними областями. Но регулярных рейсов из других регионов в Томскую область нет. От томского речного вокзала летом «Метеоры» отправляются по маршруту Томск – Каргасок, останавливаясь в населенных пунктах: Кривошеино, Молчаново, Колпашево, Парабель. Ежедневно «Заря» и «Ракета» ходят по маршруту Томск – Красный Яр. Несколько рейсов в день теплоход «Москва» выполняет по маршруту Томск – Левобережье – Остров – Нижний склад.