Распространение буддизма не нанесло ущерба авторитету основных синтоистских святилищ. В ознаменование всех важных событий — восшествие на престол нового императора, назначение императрицы, провозглашение наследного принца — в главные святилища Камо и Исэ отсылались гонцы с дарами, устраивались торжественные процессии и ритуальные представления. Многие годовые празднества были так или иначе связаны с культом синтоистских богов. Считалось, что основные боги синтоистского пантеона — Сумиёси, Хатиман и др. — пекутся о насущных нуждах людей и не имеют власти над будущим, что облегчало их включение в буддийскую систему перерождений наравне с прочими смертными, нуждающимися в спасении. Процесс соединения синтоизма с буддизмом начался уже в эпоху Нара. С начала VIII в. к синтоистским храмам стали пристраиваться помещения для отправления буддийского культа. Японским богам присваивались индексы бодхисаттв, в синтоистских святилищах читались сутры, а в буддийских храмах молились богам-защитникам. Позже богов синтоистского культа стали отождествлять с бодхисаттвами. Возникло представление о том, что будда Дайнити появился в Японии в образе богини Аматэрасу, остальные боги также стали считаться воплощениями разных будд и бодхисаттв.
Немалую роль в формировании отношений человека с внешним миром играло и учение Оммёдо, Темного и Светлого начал, в основе которого лежала заимствованная из Китая гадательно-заклинательная практика, сводившая все предметы и явления к определенным сочетаниям пяти стихий (вода, огонь, дерево, металл, земля) и двух животворных начал — инь и ян (яп.