Однако он все же «после строгого обдумывания» предлагает перенести начало экспедиции на следующий год, для более тщательной подготовки ее. Морской министр остался неудовлетворенным целым рядом предложений Крузенштерна, в частности относительно отсрочки экспедиции на год и раздельного выхода обеих экспедиций из Кронштадта (министр настаивал на совместном следовании всех четырех кораблей до определенного пункта и последующего их разделения по маршрутам).

Правительство всячески торопило с организацией экспедиции и форсировало ее выход из Кронштадта. В своей записке Крузенштерн намечал и начальников обеих «дивизий», направляемых к Южному и Северному полюсам. Наиболее подходящим начальником «первой дивизии», предназначенной для открытий в Антарктике, Крузенштерн считал выдающегося мореплавателя капитана 2-го ранга В. М. Головнина, но последначальником «второй дивизия», шедшей в Арктику, он намечал О. Е. Коцебу, своим плаванием в северных широтах на «Рюрике» доказавшем его выдающиеся качества мореплавателя и ученого моряка. Ввиду отсутствия Головнина, Крузенштерн предлагал взамен назначить своего бывшего соплавателя капитана 2-го ранга Ф. Ф. Беллинсгаузена, командовавшего тогда одним из фрегатов на Черном море. По этому поводу Крузенштерн писал: «Наш флот, конечно, богат предприимчивыми и искусными офицерами, однако из всех тех, коих я знаю, не может никто, кроме Головнина, сравняться с Беллинсгаузеном».

Правительство, однако, не последовало этому совету, и начальником первой дивизии был назначен ближайший помощник Крузенштерна по кругосветной экспедиции на корабле «Надежда» — капитан-командор М. И. Ратманов, а начальником второй — капитан-лейтенант М. Н. Васильев. Ратманов, незадолго до своего назначения потерпевший кораблекрушение у мыса Скагена при возвращении из Испании, находился в Копенгагене и здоровье его было в расстроенном состоянии. Он просил по этому случаю не посылать его в дальнее плавание, и, в свою очередь, выдвинул кандидатуру Ф. Ф. Беллинсгаузена.