Вся дальнейшая служба Беллинсгаузена (в отличие от других знаменитых мореплавателей, как, например, Крузенштерна, Головнина и Литке, посвятивших себя более научной деятельности и береговой службе) протекала в почти непрерывных плаваниях, строевой и боевой службе и на высших командных должностях. Это был настоящий строевой командир. В 1826–1827 гг. мы видим его командующим отрядом судов в Средиземном море; в 1828 г., будучи контр-адмиралом и командиром гвардейского экипажа, он вместе с последним выступил из Петербурга сухим путем и прошел через всю Россию на Дунай для участия в войне с Турцией. На Черном море он играл руководящую роль в осаде турецкой крепости Варны, а затем, имея свой контр-адмиральский флаг на кораблях «Пармен» и «Париж», — и во взятии этой крепости, а также ряда других городов и крепостей. В 1831 г., уже вице-адмиралом, Беллинсгаузен является командиром 2-й флотской дивизии и ежегодно крейсирует с нею в Балтийском море.

В 1839 г. он назначается на высший строевой пост в Балтийском море — главным командиром Кронштадтского порта и Кронштадтским военным губернатором. Эта должность совмещалась с ежегодным назначением командующим Балтийским флотом на время летних плаваний, и вплоть до самой своей смерти (в возрасте 73 лет, в 1852 г.) Беллинсгаузен продолжал выходы в море для боевой подготовки подведомственного ему флота.

Как главный командир Кронштадтского порта, адмирал (с 1843 г.) Беллинсгаузен принял исключительно большое участие в строительстве новых гранитных гаваней, доков, гранитных фортов, готовя Балтийскую твердыню к отпору нашествия западноевропейской коалиции, точно так же как подобную же задачу выполнял его прежний соплаватель адмирал М. П. Лазарев на юге — в Севастополе. Беллинсгаузен усердно тренировал свой флот и для улучшения качества артиллерийской стрельбы разработал и вычислил специальные таблицы, изданные под названием «О прицеливании артиллерийских орудий на море».