По возвращении в Банги, он тотчас вступает в ряды активных сторонников Движения за социальное развитие черной Африки. Тогда появилась МЕСАН – прогрессивная организация, которая под руководством Бартелеми Боганда боролась за независимое государство в Центральной Африке, которое должно было объединить современные Конго, Чад и Центральноафриканскую Республику. Ее главные вдохновители, среди них Леопольд Седар Сенгор, были избраны в парламент метрополии, они выступали за социалистическую и демократическую Африку, суверенную и независимую. В 1958 году партия МЕСАН провозглашает создание Центральноафриканской Республики, основанной на деголлевской Конституции, в составлении которой многие из них даже принимали участие. Молодая Республика добивается независимости в 1960 году, одновременно с большинством африканских заморских территорий. Но Жан Амеде отказывается от предлагаемых ему политических должностей. Во вновь созданном государстве он принимает активное участие в построении системы народного просвещения.

Какое-то время он считал себя африканским Жюлем Ферри.

Жан Амеде был близко знаком с социалистами и демократами, которые участвовали в строительстве независимости, и потому не мог надеяться на то, что ему удастся избежать чисток со стороны государственной полиции, учрежденной непосредственно Бокасса. В феврале 1966 года, в возрасте 32 лет, он просит политического убежища в Бельгии. Добивается его лишь три года спустя. В течение года он живет в Центральноафриканской республике, за это время на его глазах умирают главные его соратники, оставшиеся два года после долгого и тяжелого бегства через Чад, Нигер, Мали и Сенегал, он проводит в бегах и в подполье во Франции, в Швейцарии и в Бельгии.

Благодаря друзьям, приобретенным в подполье, в основном бельгийцам и швейцарцам, он получил сегодняшний свой международный дипломатический пост. После возвращения к власти в стране Давида Дако, в ходе процесса над Бокасса, Жан Амеде выступал в качестве одного из главных свидетелей обвинения. Длинный и мучительный путь к демократии превратил его в международного борца за дело Мира. Если бы не помощь активистов, защищающих африканские мирные интересы в Европе, он сейчас был бы просто старой развалиной, заживо погребенной в окрестностях Банги.