В Уфе, тем не менее, было принято решение о создании Директории, единого правительства для руководства борьбой против большевистской диктатуры. Официальной столицей нового государственного образования объявили Омск, туда же перебрались члены Директории, чтобы приступить к созданию совета министров. Сразу же началась внутриполитическая борьба между эсерами и прочими: монархистами, кадетами, автономистами... за министерские посты и сферы влияния. Военные, прежде всего высшие офицеры Сибирского Казачьего Войска, сразу обозначили свою явную антиэсеровскую позицию. На пост министра по военным и морским делам пригласили адмирала Колчака, личность известную, авторитетную, обличенную доверием западных союзников. Но продуктивно действовать новое правительство так и не смогло. Грызня за власть не прекращалась, и чувствовалось, что кто-то должен кого-то "сковырнуть". Первыми организовались военные - группа генералов составили антиэсеровский заговор. Они подготовили военный переворот с целью объявления военной диктатуры. Пост диктатора предложили Колчаку. Тот не отказался... В ночь с 17 на 18 ноября 1918 года силами первого сибирского казачьего полка переворот был осуществлен: привезенную эсерами из Уфы подвластную им воинскую часть казаки окружеили и разоружили. Одновременно арестовали всех эсеров членов Директории. 18-го ноября адмирал Колчак был провозглашен полномочным Верховным правителем России...

  С "воцарением" в Омске Колчака, приказы поступающие в войска стали более конкретными и жесткими, без примеси эсеровско-кадетской "демократии". Но Анненков по-прежнему мало обращал на них внимания, действовал по своему усмотрению, в своей "партизанской" манере. Одновременно с формированием новых частей он продолжал "исправлять" недоработки местных властей, отправляя карательные сотни туда, где ещё тлел "дух большевизма". Анненковцы каленым железом беспощадно выжигали следы недолгого пребывания советской власти...

  В Партизанской дивизии штаба как такового, в полном понимании этого слова, не было.