Новый царь, Федор Алексеевич, пытался приблизить к себе опального патриарха, однако патриарх Иоаким сближения не допустил. Мало того, Никона подвергли допросу по тремстам обвинительным статьям и поместили его без права выезда в келье Кирилло-Белозерского монастыря. Лишь накануне смерти ему было разрешено удалиться опять в Воскресенский монастырь, до которого Никон живым так и не доехал. Федор Алексеевич, чувствуя себя виноватым, лично участвовал в похоронах, неся его гроб, добился потом и разрешения у Церковного собора вечно поминать Никона в сане патриарха.

Пришедший к власти Петр I, учел ошибки своих царственных родственников, и чтобы оградить себя и своих потомков от посягательств патриархов на неограниченную власть монархов, в 1721 году учредил Духовную коллегию, переименованную впоследствии в Святейший Синод. Священники стали государственными служащими, получающими твердую зарплату и полностью зависимыми от царя, упразднено было и Патриаршество. Петр ослабил и давление на староверов. Именно в те времена старообрядцы разделились на поповцев и беспоповцев. Первые признавали необходимость духовенства и всех церковных таинств, жили они в основном на реке Керженце, в Стародубье на Дону и Кубани. Так что называть всех старообрядцев кержаками по названию реки Керженец, изобиловавшей староверскими скитами, не совсем правильно в том смысле, что кержаки - люди до конца приверженные старой вере, потому что именно поповцы-керженцы в 1800 году пошли на соглашение с официальной церковью, подчинившись местным епархиальным архиереям, но сохранив при том свою обрядность. И все-таки прозвище это покатилось по Руси, превратившись в конце концов синонимом слова «старовер».

Что касается беспоповщины, то и она раскололась на новые течения. На северо-западе была федосеевщина, на Беломорье главенствовали обычаи Выговской общины, но самые ярые - филипповцы, которые продолжали проповедовать самосожжение как знак протеста «новой вере», давным-давно прочно утвердившейся на Руси.