Честолюбивый и неразборчивый в средствах Наполеон ненавидел Англию. В проекте Фултона он сразу увидел возможность разделаться со старым врагом. Наполеон прекрасно помнил об уничтожении французского флота при Абукире, после которого британский флот отрезал его армию от Франции. Наполеон уже начал понимать, что британский флот всегда будет стоять между ним и мировым господством. Поэтому он пытался найти способы обойти это препятствие. «Наутилус» Фултона показался Наполеону лучом света во мраке.
Наполеон приказал выдать Фултону 10000 франков на постройку подводной лодки. Она была заложена в конце 1800 года и спущена на воду на Сене в мае 1801. Корпус имел форму неправильного эллипсоида длиной 21 фут 4 дюйма и диаметром 7 футов. Лодка имела небольшую рубку в форме полусферы и приводилась в движение винтом, который приходилось вращать руками. Находясь на поверхности, лодка несла мачту и парус, которые укладывались на палубу при погружении.
«Наутилус» имел медную обшивку на железных шпангоутах. Он погружался, принимая воду во внутренние балластные цистерны, и всплывал, когда воду откачивали помпой. Но самым большим нововведением стал горизонтальный руль — предшественник современных горизонтальных рулей. Он должен был помочь удерживать лодку на заданной глубине.
Как и в случае с лодкой Бушнелла, самой сложной проблемой стал выбор оружия. Самодвижущаяся торпеда появится лишь много лет спустя, а стрелять под водой из пушек невозможно. Поэтому Фултон был вынужден использовать идею Бушнелла. Его лодка имела шип в рубке, который втыкался в днище атакованного корабля. К шипу на коротком тросике был прикреплен подрывной заряд. «Наутилус» прикреплял заряд к днищу цели, отходил на безопасное расстояние и подрывал заряд специальным механизмом.
Первые испытания «Наутилуса» прошли в Париже, напротив Дворца инвалидов, в присутствии самого Наполеона. Лодка показала, как она движется в полупогруженном состоянии. Потом Фултон принял балласт, и «Наутилус» ушел под воду. Течение понесло лодку, и она поднялась на поверхность в 3 милях от точки погружения. Это была впечатляющая демонстрация, и Наполеон был счастлив, так как решил, что получил оружие, с помощью которого вырвет у Англии господство на море.