В донесении к Синоду он выражался резко, произвольно толкуя церковно-исторические факты, даже искажая их, и делая оскорбительные для Екатерины сравнения. Синод представил дело императрице в надежде (как думает Соловьёв), что Екатерина и на этот раз выкажет свою обычную мягкость, надежда не оправдалась: донесение Арсения вызвало такое раздражение в Екатерине, какого не замечали в ней ни прежде, ни после. Она не могла простить Арсению сравнения её с Юлианом и Иудой и желания выставить её нарушительницей своего слова. Арсений был приговорён к ссылке в Архангельскую епархию, в Николаевский Корельский монастырь, а затем, вследствие новых обвинений – к лишению монашеского сана и пожизненному заточению в Ревеле.

Характеристичен для Екатерины следующий случай из начала её царствования. Докладывалось дело о дозволении евреям въезжать в Россию. Новая императрица сказала, что начать царствование указом о свободном въезде евреев было бы плохим средством успокоить умы; признать въезд вредным – невозможно. Тогда сенатор князь Одоевский предложил взглянуть, что написала императрица Елизавета на полях такого же доклада. Екатерина потребовала доклад и прочла: «от врагов Христовых не желаю корыстной прибыли». Обратясь к генерал-прокурору, она сказала: «Я желаю, чтоб это дело было отложено».

Увлечение числа крепостных крестьян посредством громадных раздач фаворитам и сановникам населённых имений, утверждение крепостного права в Малороссии всецело ложатся тёмным пятном на память императрицы. Не следует, однако, упускать из виду, что малоразвитость русского общества сказывалась в то время на каждом шагу. Так, когда Екатерина задумала отменить пытку и предложила эту меру Сенату, сенаторы высказали опасение, что в случае отмены пытки никто, ложась спать, не будет уверен, жив ли он встанет поутру. Поэтому Екатерина, не уничтожая пытки гласно, разослала секретное предписание, чтобы в делах, где употреблялась пытка, судьи основывали свои действия на десятой главе Наказа, в которой пытка осуждена как дело жестокое и крайне глупое.