Екатерину Арагонскую не поселили в таком доме, но дали ей для жилья мрачный дом, где она проводила каждую ночь в молитвах, как монахиня, носила под платьем рясу из грубого материала, опасаясь днем и ночью быть отравленной или пасть жертвой убийц, притаившихся в ее комнате. Посол сообщал императору Карлу V, что король Англии сомневается, проживет ли еще какое-то время Екатерина. Генрих VIII говорил, что у нее водянка.

У новой королевы Анны Болейн были свои планы в отношении предшественницы. Она откровенно угрожала лишить жизни Екатерину Арагонскую и ее дочь Марию. Летом 1534 года она во всеуслышание говорила своему брату, лорду Рочфорду, что когда король отправится воевать во Францию и она останется регентшей, она казнит Марию по обвинению в неподчинении. Рочфорд предупреждая сестру, что Генрих будет в ярости, потому что несмотря ни на что он любит свою старшую дочь. Анна Болейн ответила брату, что исполнит свое намерение, даже если с нее живой сдерут кожу и отправят на костер.

Екатерина Арагонская умерла в январе 1536 года. Ходили упорные слухи, что ее отравили. Слухи эти были вызваны странной поспешностью, с которой труп положили в свинцовый гроб, чтобы ее никто не видел. Однако бальзамировщики, производившие вскрытие, рассказали преданным испанским слугам покойной, что их поразило то, что сердце Екатерины оказалось черным и отмыть его им не удалось. И один из бальзамировщиков добавил, что когда они рассекли сердце, то обнаружили нечто черное, настолько плотное, прилипшее, что они не смогли его оторвать.

Получив известие о смерти Екатерины Арагонской, Генрих VIII радостно воскликнул: «Слава Богу, теперь над нами не будет висеть опасность войны!», имея в виду, что племянник Екатерины император Карл V грозил войной, желая восстановить на английском престоле свою тетку. А отец и брат Анны Болейн во всеуслышание заявляли, что единственное, о чем они жалеют, так это о том, что дочь Екатерины Мария не составила компанию своей матери.