Еще одной задачей Су-17 стало минирование с воздуха опасных районов и горных троп. Наряду с разрушением перевалов бомбовыми ударами, их минирование затрудняло моджахедам передвижение, лишая преимущества в подвижности и неожиданности нападения. Для этого использовались КМГУ, каждый из которых нес по 8 блоков, вмещавших 1248 противопехотных фугасных мин. Разбрасывание мин Су-17 производили на скорости порядка 900 км/ч.
При выполнении боевых задач выявились и недостатки, снижавшие эффективность БШУ и увеличивавшие риск повреждении и потерь. Так, при освоении афганского театра боевых действии летчики, выполнив несколько успешных боевых вылетов, склонялись к переоценке своих сил, недооценке противника (особенно его ПВО) и начинали выполнять атаки однообразно без учета особенностей местности и характера целей. Сброс бомб производился не по единой методике, что приводило к их рассеиванию. Несколько звеньев Су-17 были даже возвращены на базы из-за низкой точности ударов и опасности попадания по своим войскам. Так, летом 1984 года под Кандагаром ведущий группы Су-17, отказавшийся от помощи авианаводчика, по ошибке сбросил бомбы на свой пехотный батальон. Погибли четыре человека и девять были ранены.
Другим недостатком было частое отсутствие точных данных о ПВО противника (по сведениям разведки, в районах базирования моджахедов в 1982 году насчитывалось до 30-40 зенитных средств, а в опорных пунктах - до 10). Зенитные пулеметы и ЗГУ маскировались, прятались в укрытиях и быстро выдвигались на огневые позиции. Шаблонность атак и затягивание времени на обработку цели в таких условиях становились опасными. В районе Кандагара летом 1983 года Су-17М3 был сбит при выполнении шестого (!) захода на цель. Другими причинами потерь были ошибки пилотирования и отказы техники.
Возросшее напряжение боев привело к большим нагрузкам на летчиков и техников самолетов. Специалисты НИИ авиакосмической медицины, изучавшие "человеческий фактор", определили, что чрезмерные нагрузки на организм в течение 10-11 месяцев интенсивных боевых вылетов приводят к "существенным функциональным сдвигам и нарушениям в сердечно-сосудистой и двигательной системах, у 45% летчиков отмечается переутомление и нарушения нормальной психической деятельности".