Анализ потерь за 1985 год показал, что 12.5% самолетов были сбиты из автоматов и ручных пулеметов, 25% - огнем из ДШК, 37.5% огнем из ЗГУ и 25% - ПЗРК. Снизить потери можно было путем дальнейшего увеличения высоты полетов и применением новых типов боеприпасов. Мощные НАР залпового пуска С-13 и тяжелые HAP C-25 запускались с дальности до 4 км, они были устойчивы в полете, точны и снабжены неконтактными взрывателями, повысившими боевую эффективность. Основной же защитой стал уход на большие высоты (до 3500-4000 м), сделавший применение НАР малорезультативным, и главным видом вооружения истребителей-бомбардировщиков стали бомбы. Они уверенно вытесняли другие средства поражения: расход авиабомб в 1987 году возрос до 113 тысяч штук по сравнению с 96 тысячами в предыдущем году, в то время как число ракет снизилось впятеро - с 1250 тысяч до 226 тысяч штук.

В Афганистане впервые в боевой обстановке были применены объемно-детонирующие авиабомбы (ОДАБ) и боевые части к ракетам. Жидкое вещество такого боеприпаса при попадании в цель рассеивалось в воздухе и образовавшееся аэрозольное облако подрывалось, поражая противника раскаленной ударной волной в большом объеме, причем максимальный эффект достигался при взрыве в стесненных условиях, сохранявших мощность огненного шара. Именно такие места - горные ущелья и пещеры служили укрытиями вооруженных отрядов. Чтобы уложить бомбы в труднодоступное место, применялось бомбометание с кабрирования: после сброса самолет уходил вверх из зоны досягаемости зенитного огня, а бомба, описав параболу, падала на дно ущелья. Применялись и специальные виды боеприпасов: так, летом 1988 года Су-17М3 из Мары ломали скальные укрепления бетонобойными бомбами. Корректируемые бомбы и управляемые ракеты чаще использовались штурмовиками Су-25, больше подходившими для действий по точечным целям.