Наконец, в июне пожар прекратился. От двух третей Москвы остались обгорелые развалины. В главных очагах пожара температура была настолько высока, что расплавялись железные скрепы каменных домов. Население было разорено. Началась полоса общего недовольства. Народная молва обвиняла в пожаре ближних бояр. Иоанн затих. Страшное бедствие поразило его. Он прекратил оргии и кровавые потехи. Целыми днями молился или беседовал с духовными лицами. Эта перемена очень радовала Анастасию, которая к тому же всецело погрузилась в заботы о недавно родившемся сыне, Дмитрии. Иоанн щедро жертвовал на восстановление Москвы. Чтобы добыть денег, он даже продал иноземцам некоторые свои драгоценности. Спешно ремонтировался и кремлевский дворец. Царица, со своей стороны, помогала населению всем, чем могла. Она, с разрешения Иоанна, отдала почти все свои украшения. За это народ прозвал ее «Милостивой».

Прошло два года со времени пожара Москвы. Город отстроился и принял почти прежний вид. Иоанн, к радости Анастасии и народа, оставался мягким, доступным и отзывчивым. Как и в первое время после пожара, он проявлял крайнюю религиозность, посещал московские монастыри и храмы, всюду служил молебны, делал щедрые вклады. Очевидно, стихийное бедствие произвело на него огромное впечатление.

Во время пожара Иоанн дал обет посетить некоторые дальние обители, между прочим — монастырь св. Кирилла, на Шексне (теперь — Вологодской губернии). Он выехал в это паломничество в начале 1551 года, в сопровождении царицы и сына. По дороге заехали в обитель св. Сергия, где доживал свои дни знаменитый Максим Грек. Старец убеждал царя отказаться от такого далекого путешествия, но Иоанн был непреклонен. При прощании Грек сказал царю:

— Помни, Государь, что ты берешь на себя тяжелое бремя. Царевич не вернется в Москву.