С крестом на груди читал лекции студентам в университете. Читал хорошо, студенты его любили, хотя и побаивались. Кроме операций и преподавания, много занимался Войно-Ясенецкий живописью: писал иконы для храма и анатомические таблицы для своих университетских занятий. Долго все это власти терпели, уговаривали его бросить церковные дела, но он не поддавался. Однажды рабочие полезли на крышу Кафедрального собора кресты ломать. Вышел Войно-Ясенецкий из храма, а они уже по лестнице взбираются. Он рассвирепел. Роста был высокого, широкогрудый, сильный. Тряхнул лестницу, рабочие попадали. Кто руку сломал, кто ногу. Он приказал своим санитарам их поднять и в больницу перенести, где и сделал по всем правилам хирургии необходимые операции. Некоторые говорят, что после этого случая его и арестовали. Но рассказывают и другое. Закончив операции, хирург снял халат, вымыл руки и сам отправился в милицию, где якобы заявил: "Арестуйте меня, я во гневе согрешил перед Богом и перед людскими законами".

Сам профессор Войно-Ясенецкий так описал события, последовавшие за смертью жены:

"Аня умерла 38 лет. Две ночи я сам читал над гробом Псалтырь, стоя у ног покойной в полном одиночестве. Часа в три второй ночи я читал 112-й псалом, начало которого поется при встрече архиерея в храме, и последние слова псалма поразили и потрясли меня, ибо я с совершенной ясностью и несомненностью воспринял их как слова Самого Бога, обращенные ко мне: "И неплодную вселяет в дом матерью, радующуюся о детях". Господу Богу было ведомо, какой тяжелый и тернистый путь ждет меня, и тотчас после смерти матери моих детей Он Сам позаботился о них и мое тяжелое положение облегчил.

Почему-то без малейшего сомнения я принял потрясшие меня слова как указание Божие на мою операционную сестру Софию Сергеевну, о которой я знал только то, что она недавно похоронила мужа и была неплодной, то есть бездетной, и все мое знакомство с ней ограничивалось только деловыми разговорами, относящимися к операции.