Следует сказать, что происхождение Чезаре не раз вызывало споры среди историков. Два хрониста, Инфессура и Гвиччардини, упоминают о попытках Родриго — уже после занятия папского трона — объявить отцом Чезаре некоего Доменико д'Ариньяно, человека, за которого он будто бы собирался выдать замуж свою любовницу. Основание для такой версии давал существовавший тогда запрет незаконнорожденным занимать высшие должности в церковной иерархии — Чезаре, не признанный собственным отцом, не смог бы впоследствии стать кардиналом. В действительности же в данном случае никакой проблемы с отцовством не возникало. Во-первых, уже в 1480 году Сикст IV, не забывший услуги Родриго Борджа, специальной буллой от первого октября освободил малолетнего Чезаре от необходимости доказывать законность своего происхождения. А во-вторых, установление номинального отцовства, пожелай этого его преосвященство, не составило бы никакого труда, поскольку у прекрасной Ваноццы имелся законный муж — Джордже делла Кроче, секретарь папской канцелярии. Супруги жили в доме на площади Пиццо-ди-Мерло, нынешней Сфорца-Чезарини, неподалеку от дворца вице-канцлера.

Миланец делла Кроче был, по-видимому, вполне заурядной личностью и не испытывал особых неудобств из-за двусмысленности своего положения. Точная дата его свадьбы с Джованной неизвестна, но трудно согласиться с не раз высказывавшимся мнением, что брак этот устроил сам кардинал Борджа ради сокрытия своих отношений с молодой женщиной. Как мы уже видели, прелат-обольститель совершенно не заботился о соблюдении тайны или хотя бы маскировке своих развлечений и удовольствий. А ведь самые незначительные усилия, немного лицемерия и осторожности — и острословы потеряли бы возможность болтать о кардинальских проказах на всех перекрестках Рима. Так что протекция, оказанная мужу Ваноццы — Борджа поместил его на должность, по тем временам весьма выгодную, — объяснялась, надо полагать, не своекорыстными мотивами; это была всего лишь презрительная щедрость вельможи к покорному плебею.