Траур по случаю кончины Иннокентия VIII продолжался, как и предписывалось, девять дней и завершился пятого августа 1492 года. Теперь Святейшей коллегии вновь предстояла нелегкая задача — выбрать достойнейшего из своей среды.

Конклав включал тогда 27 кардиналов, но четверо из них не смогли прибыть в Рим — их епископства находились на окраинах католического мира. Шестого августа прелаты собрались на заключительную заупокойную мессу; епископ-кардинал Джулиано делла Ровере произнес традиционную проповедь «Proeligendo Pontifice»

Затем, присягнув на Евангелии не изменять однажды сделанному выбору, они перешли в зал для голосования, двери которого, по старинному обычаю, замуровали — каменная кладка разбирается лишь после объявления имени нового папы.

Предположения и слухи о вероятных кандидатах на католический трон уже несколько дней волновали воображение римлян. Поговаривали, что наибольшие шансы на избрание имеют двое: неаполитанец Оливьеро Караффа и его соперник, лиссабонский кардинал Джорджо Коста. Исход голосования затрагивал интересы многих европейских держав, и в донесении моденского посла Кавальери упоминается о кругленькой сумме в 200000 дукатов — эти деньги, переведенные одному римскому банкиру королем Франции, должны были обеспечить победу Джулиано делла Ровере, на него же сделала ставку Генуя, добавившая к французскому золоту еще 100000 дукатов.

Больше трех суток шло совещание, и вот утром одиннадцатого августа, неожиданно для всех, как гром среди ясного неба, разнеслась весть: римский папа — Родриго Борджа. Особенно удивительным казалось единогласие, проявленное конклавом. В своем послании к Совету восьми — флорентийской Синьории — Валори подчеркивает, что избрание Александра VI произошло после жарких споров, но против не было подано ни одного голоса. Последнее обстоятельство дружно игнорируется всеми историками, а между тем оно заслуживает внимания, поскольку позволяет взглянуть на Родриго глазами его современников.