А папа в Риме между тем не знал покоя. Первое, на что он обратил внимание, было наведение порядка в городе. Преступность за годы правлении Иннокентия VIII достигла, как уже говорилось, неслыханных масштабов и еще более усилилась за краткий промежуток междуцарствия. В августе 1492 года ежесуточно около двухсот римлян погибали насильственной смертью — в десять раз больше, чем в спокойные годы. Перед организованными бандами наемных убийц и вольнопрактикующих грабителей трепетали не только мирные горожане, но и отряды стражников.

Александр VI быстро и решительно изменил положение — он не собирался делить власть над Римом с кем бы то ни было. Не прошло и недели, как главари бандитов — их имена не составляли тайны — уже качались на виселицах; укрепленные притоны были взяты штурмом и разгромлены. Сменив наиболее продажных судей, папа ввел новые муниципальные должности — тюремных инспекторов и комиссаров, которым поручалось наблюдение за охраной спокойствия на городских улицах. Кроме того, каждый четверг Александр VI лично принимал посетителей, чьи споры или жалобы не могли быть решены обычным судом.

Правопорядок в Риме был восстановлен, но куда сложнее обстояли дела в области внешней политики. Тучи войны вновь начали заволакивать итальянское небо, и надлежало всерьез позаботиться об устойчивости папского трона. Главная угроза для мира на Апеннинском полуострове исходила на этот раз из Милана, от Лодовико Мария Сфорца по прозвищу «иль Моро», занимавшего престол в качестве регента при своем племяннике, молодом герцоге Джане Галеаццо. Отстранив от правления мать юноши, Лодовико поместил — вернее сказать, заточил — его в крепость Павию; ради соблюдения приличий это объяснялось заботой о безопасности принца. Вместе с Джаном почетное заключение разделяла его юная жена, Изабелла Арагонская, дочь герцога Калабрийского, наследника Неаполитанского королевства (сына короля Ферранте).