Отмечена и странная нелогичность сюжета: Дакоста, герой вполне положительный, почтенный и уважаемый глава семейства, много лет обманывает самых близких ему людей. В этом опять-таки пытаются найти связь с личной жизнью писателя. Оливье Дюма считает, что в романе Ж. Верн просто передает чувства, владевшие им в период создания «Жангады»: к собственной неудачной женитьбе добавился неудачный брак сына, что укрепило давнишнее отвращение автора к супружеству. Ж. Верн словно бы пытается вторгнуться в реальность и помешать браку сына…

Главы, посвященные разгадке зашифрованного документа, являются, пожалуй, самыми драматичными и самыми интересными в романе, хотя и здесь критика бросила автору упрек в несовершенстве шифра, а следовательно, и в нелогичности разгадки. Сравнение с Эдгаром По, с его блестящим аналитическим решением оказалось явно не в пользу случайной удачи у Ж. Верна.

Кстати, кроме тайнописи явной — криптограммы, в романе есть и другой, более искусный шифр, скрывающий секреты самого автора. Речь идет об именах героев. Путем перестановок, добавлений и выбрасываний букв можно получить как бы «первичные», исходные имена персонажей. Работа эта несложна для тех, кто знаком со словесными головоломками. И вот Минья «превращается» в Эрмини, женщину, которую Жюль Верн больше других любил в жизни; Маноэль «становится» то сыном писателя Мишелем, то американским врачом и приятелем Вернов Леноэлем; Лина — это, безусловно, Каролин, юношеская любовь Ж. Верна, цирюльник Фрагозо — бессмертный Фигаро, Торрес — это анаграмма французского слова «trezor» (сокровище); имя Дакосты (Joam) можно будто бы прочитать и как «moi J(iles)» (то есть «я — Жюль»), а само название романа, повторяющее название крупного амазонского плота, «La Jangada», восходит к ненавистной для Ж. Верна сценической фамилии невестки — Дюгазон!

Если такое прочтение верно, то роман получает дополнительный смысл, позволяя посвященным раскрыть какие-то новые штрихи в биографии писателя, прочесть невысказанные и казавшиеся навсегда потерянными его сокровенные думы.