Мильтон действительно был сподвижником вождя английской буржуазной революции Оливера Кромвеля. Он занял в правительстве, созданном революцией, пост латинского секретаря. В этой должности он вел переписку с иностранными государствами (латынь еще оставалась международным языком). Одновременно Мильтон выступал как официальный пропагандист правительства республики.
Впрочем, республикой революционная Англия оставалась недолго. В итоге сложного переплетения классовых противоречий и международной обстановки в стране установилась единоличная диктатура Кромвеля. Когда Кромвель стал фактическим главой правительства, Мильтон написал в честь его стихотворение, в котором выражал надежду, что тот не станет притеснителем свободы. Такие же мысли, только более ясно и определенно выразил Мильтон во «Второй защите английского народа»: «Испытав столько страданий, пройдя через столь великие опасности в борьбе за свободу, — писал Мильтон, обращаясь к самому Кромвелю, — не соверши насилия над ней и не допусти ущерба ей со стороны кого-либо другого».
Увещания латинского секретаря, естественно, не могли повлиять на лорда-протектора Кромвеля, который правил страной как самодержец. Мильтон имел возможность убедиться в том, что революция пришла к тому самому, против чего она в начале боролась, — к произволу бесконтрольной власти.
В годы наибольшей политической активности на Мильтона обрушились несчастья. Сначала умерла первая жена. Он женился второй раз. Счастье в этом браке было недолгим, жена умерла вместе с ребенком. Потом беда настигла его самого. Он с детства страдал слабым зрением. С середины 1640-х годов зрение стало заметно ослабевать. На советы врачей сократить работу Мильтон ответил: «Подобно тому, как я пожертвовал поэзией, так теперь я готов принести на алтарь свободы свои глаза». В 1652 году Мильтон полностью ослеп. Он оставил пост латинского секретаря, но продолжал служить республике пером, диктуя свои сочинения. Полемист он был злой, но и противники из монархического лагеря были беспощадны. Они издевались над его слепотой, однако его и это не сломило.