Страна уже глухо волновалась, буржуазия и народ все более открыто заявляли о своем недовольстве. «Я считал, — написал Мильтон, — что было бы низко в то время, когда мои соотечественники боролись за свободу, беззаботно путешествовать за границей ради личного интеллектуального развития».

Вернувшись в Англию, Мильтон стал выступать как публицист, посвятив несколько памфлетов критике господствующей англиканской церкви, которая была идеологической опорой монархии; она имела тот же иерархический строй, что и католическая церковь. Как истинный пуританин, Мильтон боролся за уничтожение епископата и полную демократизацию церкви. Одновременно он занимался домашним воспитанием племянников, сыновей старшей сестры. Из этих занятий возник его трактат «О воспитании» (1644), являющийся важной вехой в истории гуманистической педагогики.

В мае 1643 года Мильтон после всего лишь месячного знакомства женился на дочери мелкого помещика Мери Поуэл. Она, однако, покинула его уже через несколько недель и вернулась к родителям. Поуэлы были сторонниками короля. Когда революционные власти начали их притеснять, Мильтон, ставший к тому времени деятелем революционного лагеря, выручил их. Мери вернулась к мужу после двух лет разрыва. Она родила четырех детей и в 1652 году умерла во время родов последнего ребенка.

Когда Мери покинула Мильтона, он написал трактат о разводе (1645), поссоривший его не только с англиканским духовенством, но и с пуританскими идеологами, ибо он выдвинул неслыханное тогда положение о праве на развод, если в браке нет любви и согласия между супругами. Концепция брака, изложенная Мильтоном, была важным вкладом в развитие этики гуманизма. «Брак не может существовать и сохраняться без взаимности в любви, — провозгласил Мильтон, — а там, где нет любви, от супружества остается только внешняя оболочка, столь же безрадостная и неугодная богу, как и всякое другое лицемерие».