В указе Петра III Чурмантееву от 1 января 1762 года повелевалось: «Буде, сверх нашего чаяния, кто б отважился арестанта у вас отнять, в таком случае противиться сколь можно и арестанта живого в руки не давать». В инструкции, данной по восшествии на престол Екатерины Н. И. Паниным, которому доверен был главный надзор за содержанием шлиссельбургского узника, этот последний пункт был выражен яснее: «Ежели паче чаяния случится, чтоб кто с командою или один, хотя бы то был и комендант или иной какой офицер, без именного за собственноручным И.В. подписанием повеления или без письменного от меня приказа и захотел арестанта у вас взять, то оного никому не отдавать и почитать то за подлог или неприятельскую руку. Буде же так оная сильна будет рука, что опастись не можно, то арестанта умертвить, а живого никому его в руки не отдавать». По некоторым известиям, вслед за воцарением Екатерины, Бестужевым составлен был план брака с Иоанном. Верно то, что Екатерина в это время виделась с Иоанном и, как сама признала позже в манифесте, нашла его в уме. Сумасшедшим или, по крайней мере, легко теряющим душевное равновесие, изображали Иоанна и рапорты приставленных к нему офицеров. Однако Иоанн знал происхождение, несмотря на окружавшую его таинственность, и называл себя государем. Вопреки строгому запрещению чему бы то ни было его учить, он от кого-то научился грамоте, и тогда ему разрешено было читать Библию. Не сохранилась и тайна пребывания Иоанна в Шлиссельбурге, и это окончательно погубило его. Стоявший в гарнизоне крепости подпоручик Смоленского пехотного полка Василий Яковлевич Мирович вздумал освободить его и провозгласить императором; в ночь с 4 на 5 июля 1764 года он приступил к исполнению своего замысла, и, склонив с помощью подложных манифестов на свою сторону гарнизонных солдат, арестовал коменданта крепости Бередникова и потребовал выдачи Иоанна. Пристав сперва сопротивлялся с помощью своей команды, но, когда Мирович на крепость пушку, сдался, предварительно, по точному смыслу инструкции, убив Иоанна.