Христианская установка «Ипатии» еще более рельефно выступает при литературном анализе двух других персонажей романа, созданных Кингсли так же свободно, как Рафаэль. Разлученные брат и сестра – Филимон и Пелагия также живые показатели морального торжества христианства. Филимон из молодого анахорета делается сподвижником Ипатии только для того, чтобы, впитав в себя частичку эллинской мудрости, обнаружить тлен и безумие без христианской веры. Замкнутый аристократизм Ипатии, когда она говорит об его падшей сестре, и участь самой Ипатии гонят его обратно в пустыню. Здесь Кингсли снова наносит удар своей главной героине. Иначе он относится к Пелагии. Пелагия, эта антитеза Ипатии, это настоящая служительница Афродиты «народной», если придерживаться платоновской терминологии, не найдя своего спасения у почитательницы Афродиты «небесной», при помощи не вполне раскрытой читателю благодати находит свое блаженство в той же пустыне, где и брат. Грильпарцер

Идеалистическое построение романа Кингсли совершенно не дает ответа на самый существенный вопрос романа – почему же, в конце концов, христианство в лице самых различных своих представителей, от антипатичного автору Кирилла до любимого им Синезия, оказывается победителем в борьбе с гибнущей греко-римской культурой? Если отказаться от теории божественного происхождения христианской религии, то само христианство окажется составной частью той же греко-римской культуры. Поэтому победа христианства была обусловлена не тем, что в некоторых конкретных своих проявлениях и в своем основном учении оно содержало в себе истину, как уже по своему званию предполагал священник Кингсли, а его большей приспособленностью к социальным условиям того времени. Антагонизмы эпохи разложения Римской империи имели такой характер, что греко-римские и восточные культы неминуемо должны были уступить место победоносной христианской церкви.