К тому же надвигалась еще более грозная опасность. То в одной, то в другой части страны сыновья Хусейна Байкары поднимают восстания против централизованного государства, — восстания, направленные на расчленение страны. Шах оружием, Навои своими советами и непосредственным участием неоднократно пытаются усмирить мятежных царевичей. Но без успеха.

Наконец в декабре 1500 года становится известно, что Хусейн Байкара возвращается в столицу из очередного похода против одного из своих взбунтовавшихся сыновей. Совершенно обессиленный, Навои отправляется из Герата, чтобы встретить его. Во время их свидания ему стало худо, и через несколько дней — 3 января 1501 года — великий Алишер навсегда закрывает глаза.

Издавна на Ближнем и Среднем Востоке бурно развивалась поэзия, представленная различными течениями и множеством жанров. Творчество каждого из великих представителей этой поэзии — Рудаки, Фирдоуси, Низами, Аттара, Саади, Хафиза, Джами — всякий раз открывало новую блестящую страницу в истории мировой изящной словесности.

Поэтическое наследие выдающихся предшественников способствовало формированию и развитию поэтического своеобразия таланта Алишера Навои.

К тому времени и узбекская литература имела уже свои сложившиеся многовековые традиции. Об этом свидетельствуют творения Дурбека, Атаи, Саккаки, Лутфи и др. Недаром современник и близкий друг Навои — великий таджикский поэт и мыслитель Абдуррахман Джами (да и сам Алишер) называл Лутфи «царем поэтов». Выдающиеся узбекские поэты своим творчеством способствовали развитию родного литературного языка, что имело большое значение для того времени. Наряду с развитием традиционной любовной лирики они расширили рамки социальной проблематики поэзии. Весьма важным явилось и то, что они значительно усилили светский характер литературы, намного углубив и обогатив ее содержание.