В отношении структуры и исторического образования также нет принципиальной разницы между Каракорумом и нашими Альпами. Геологи установили, что оба хребта поднялись в более позднюю третичную эру со дна моря и в течение сотен тысячелетий под влиянием процесса выветривания прошли почти одни и те же изменения. В средней части Каракорума можно найти кристаллические породы, среди них гранит и гнейс, из которых состоят несколько самых красивых и высочайших вершин хребта: К2, Машербрум и Мустаг-Тауэр, между тем как другие, расположенные недалеко – Броуд-пик и Гашербрум, – состоят преимущественно из скал, имеющих свое начало в морских осадках. Сложные геологические преобразования, которые происходили при поднятии хребта, были решающими для глубокого структурного изменения пород: часть этих изменений, возможно, происходила еще до процесса поднятия.

Формация сегодняшнего Каракорума – результат ряда взаимодействующих изменений, которые проходила эта область после того, как она в последний раз поднялась с морского дна. Под действием сильного бокового давления кора земли на этом месте сначала поднялась и разорвалась, потом сжалась, перемешалась и, наконец, была поднята на большую высоту. Атмосферные явления штурмовали эти районы чрезмерного поднятия и создали первые русла будущих долин. Спускающиеся воды промыли глубокие русла и создали большие сборные бассейны, уходящие под прямым углом от уже вырисовывавшегося к этому времени главного хребта. После этого изменения рельефа неоднократно наступали ледники, которые спускались в промытые водою долины, изменяли их вид и оставляли в них при своем отступлении большие массы моренных отложений.