При получении каждого нового известия о взятии батарей и башен и об успехах осаждающих жители устраивали беспорядки. Подготовка к бомбардировке возбуждали недовольство ополченцев. Несколько рыцарей было убито на улицах, и ненависть, которая давно зрела в сердцах жителей, неудержимо прорвалась наружу. Те члены Совета, которые особенно энергично призывали к сопротивлению, теперь всего более добивались покровительства французского главнокомандующего, ибо именно они являлись прежде всего мишенью для народного возмущения. Акт о капитуляции был подписан на борту «Ориана» 12 июня, в 2 часа утра.

«Статья 1. Рыцари ордена святого Иоанна Иерусалимского передадут французской армии город и форты Мальты. Они отказываются в пользу Французской республики от прав суверенитета и собственности, как в отношении этого города, так и в отношении островов Мальта, Гоцо и Комино.

Статья 2. Республика употребит свое влияние на Раштадтском конгрессе, чтобы обеспечить великому магистру пожизненное владение княжеством, равноценным тому, которое он теряет, а в ожидании этого станет выплачивать ему пенсию в 300000 франков. Кроме того, ему будет выдана сумма, равная этой пенсии за два года, в качестве возмещения за его движимое имущество. В течение того времени, пока он останется на Мальте, ему будут оказываться те же воинские почести, что и прежде.

Статья 3. Рыцари ордена святого Иоанна Иерусалимского, являющиеся французами и находящиеся в данный момент на Мальте, чей статус будет определен главнокомандующим, смогут вернуться на родину; пребывание их на Мальте будет им зачтено как пребывание во Франции.

Французская республика сделает Цизальпинской, Лигурийской, Римской и Гельветической республикам представления об объяснении настоящей статьи общей для рыцарей этих наций.

Статья 4. Французская республика сделает другим державам Европы представления о сохранении за рыцарями соответствующих наций их прав на собственность Мальтийского ордена в этих государствах.