Три роты ветеранов, составленные из всех старых солдат ордена, были отправлены на Корфу и на Корсику. В крепости имелось 1200 пушек, 40000 ружей, 1 миллион фунтов пороха. Начальник артиллерии велел погрузить на суда все, что он счел нужным для пополнения и укомплектования материальной части. Эскадра запаслась водой и продовольствием. Склады ржи были очень велики, их содержимого хватило бы городу на три года. Фрегат «Сансибль» отвез во Францию трофеи и несколько редкостей, которые главнокомандующий отправил правительству. Генерал Барагэ д'Илье, который в силу непостоянства своего характера пожелал вернуться в Париж, получил разрешение на отъезд, причем ему было поручено доставить штандарт ордена. Все мальтийские рыцари – французы и итальянцы – получили паспорта для въезда во Францию в в Италию. По условиям капитуляции все остальные эвакуировались с острова. К 18 июня на Мальте не оставалось больше ни одного рыцаря. Великий магистр 17-го отплыл в Триест. Найденная в казнохранилище серебряная посуда стоимостью. в миллион была по прибытии в Каир перечеканена в монету.

Генерал Вобуа с 4000 человек гарнизона был оставлен комендантом острова. Чтобы оборонять последний, нужно было, иметь 8000. Генерал Бертье приказал послать туда 6000 человек из запасных частей, находившихся в Тулоне, направил туда же 1000 человек с Корсики, 1500 из Чивита-Веккии и 1500 из Генуи. Чтобы полностью снабдить гарнизон, не хватало соленого мяса и медикаментов. Он сообщил об этом военно-морским властям в Тулоне. Наполеон дал почувствовать Директории необходимость переправить на Мальту эти подкрепления, а также все, чего не хватало гарнизону, дабы обеспечить нормальное несение службы в этой важной крепости. 8000 человек могли бы удержать господство над островом и оказались бы тогда в состоянии получать пополнения. Море оставалось свободным в течение июня, июля, августа, сентября. Но Директория, как обычно, ничего не сделала. Вобуа был предоставлен самому себе.