В ХVIII-ХIХ веках Кирилло-Белозерский монастырь уже полностью потерял свое былое значение культурного центра. Художественной ценности его древних построек долгое время не придавали значения, и об их сохранении не слишком заботились. В 1800 году в ответ на просьбу отпустить деньги на ремонт монастырских зданий Новгородский митрополит Гавриил распорядился сломать церкви Гавриила, Введения, Ефимия и некоторые другие замечательные памятники. К счастью, намечавшиеся разрушения были осуществлены лишь в малой степени за недостаточностью средств. И все же с конца XVIII до середины XIX века многие древние здания сломали, а другие нещадно переделали. Но, несмотря на все искажения, замечательный архитектурный ансамбль Кирилло-Белозерского монастыря и сейчас производит незабываемое впечатление суровой простотой своих башен и благородной изысканностью архитектуры храмов.
С начала и особенно с середины прошлого века древности Кириллова монастыря начали привлекать любителей старины и стали предметом изучения. Некоторые из исследователей, такие как кирилловские архимандриты Варлаам и Иаков, были напрямую связаны с монастырем. Окончил свою жизнь в Кириллове и похоронен там один из первых историков русской церкви Пензенский архиепископ Амвросий (Орнатский), опубликовавший ценнейшие документы по истории монастыря. Особую научную ценность имеет посвященный монастырю капитальный труд Н. К. Никольского, вышедший в двух томах (1 выпуск - в 1897 году, II выпуск - в 1910 году).
После упразднения монастыря в 1924 году в нем организовали историко-краеведческий музей, позднее преобразованный в историко-художественный, а в 1968 году объявленный заповедником. В 1919 году были начаты реставрационные работы, которыми долгое время руководил архитектор В. В. Данилов, первым начавший архитектурно-археологическое изучение кирилловских памятников. Новый этап реставрационных работ отсчитывается от 1957 года. С тех пор реставрация в Кириллове идет непрерывно. Работы ведутся комплексно, наряду с самими зданиями реставрируются стенопись и находящиеся в церквах иконостасы.