В 1625 году он служил дьяком у патриарха Филарета, отца Михаила Федоровича, затем в различных приказах. Неоднократно выполнял ответственные поручения царя. Так, в 1633 году царь посылает его вместе с воеводами Дмитрием Черкасским и Дмитрием Пожарским под Смоленск на смену боярина Шеина. Деньги на подписание собора и папертей ( 500 рублей) Никифор внес еще в 1630 году. Через несколько лет после окончания росписи он постригся в Кирилло-Белозерском монастыре и после смерти был погребен на соборной паперти. Существует предположение, что Никифор Шипулин вместе со своим сыном изображен в росписи собора в композиции, иллюстрирующей один из псалмов. Действительно, здесь к трону Софии припадают старец и юноша, одетые в княжеские или боярские одежды. Подобных изображений нет на других иллюстрациях того же текста в русской живописи XVII века. Если предположение справедливо, то перед нами редкий для того времени пример прижизненного портрета.

Только в 1930 году, во время реставрационных работ, раскрыли окончание текста летописи: "Расписывали иконное стенное письмо Любим Агиев с товарищи". Любим Агиев, или Агеев - городовой царский иконописец из Костромы, один из лучших русских мастеров-стенописцев середины XVII века. В 1643 году он вместе с мастерами из разных городов расписывал Успенский собор Московского Кремля, будучи одним из четырех высокооплачиваемых иконописцев-знаменщиков.

Росписи 1641 года повредили в процессе ремонтных работ во второй половине XVIII века. Прикладки к аркам и столбам скрыли часть композиций, отчего нарушилась цельность некоторых тематических циклов, другие композиции оказались обезображенными новой кладкой. При растеске окон погибли расположенные на откосах фигуры Святых, пострадали и соседние композиции. Проемы, пробитые в западной и южной стене собора в связи с сооружением пристроек, также уничтожили часть композиций. После заделки широких трещин, образовавшихся к тому времени на стенах и сводах, белые полосы шпаклевок рассекли стенные росписи в разных направлениях. Стало неизбежным поновление росписей.