Современные крокодилы в основном населяют различные пресные водоемы. Встречаются крокодилы, которые терпимо относятся к солоноватой воде и встречаются в речных эстуариях (африканский узкорылый крокодил, нильский крокодил, американский острорылый крокодил, крокодиловый кайман). Из ныне живущих представителей этого отряда лишь гребнистый крокодил заплывает в открытое море (встречен на расстоянии 600 км от ближайшего берега).

Распорядок дня у крокодила прост и незатейлив. Утром и ближе к вечеру крокодилы выходят на прибрежные отмели, чтобы понежиться в лучах солнца и разогреть холодную кровь. Прохлады они не любят, наиболее благоприятная для жизнедеятельности температура тела у миссисипского аллигатора – 32–35 °C.

Если температура падает ниже 20 °C, крокодил становится вялым, апатичным, а при дальнейшем падении температуры может и погибнуть. Но и высокая температура для крокодилов нежелательна, так как у них нет хорошо развитой системы охлаждения тела, и температура выше 38 °C смертельна для этих рептилий. На суше крокодилы часто лежат с широко открытой пастью, что, видимо, связано с терморегуляцией: некоторая теплоотдача происходит при испарении воды со слизистых оболочек ротовой полости. Повысить температуру своего тела крокодилы могут за счет метаболических процессов в организме или за счет частого сокращения мышц (мышечной дрожи). Но это довольно условное повышение температуры, порядка 1–2 °C. Большую часть суток крокодилы проводят в воде. В водной среде крокодилы обычно дрейфуют, продолжая дышать: голова удерживается горизонтально под самой поверхностью воды, ноздри и глаза выставлены на воздух, а тело располагается наклонно, (или даже почти вертикально), хвост немного опущен. При необходимости ныряют и могут довольно долго оставаться под водой (миссисипский аллигатор – до 2 ч).