Крокодилы в разной степени опасны для человека. Некоторые из них никогда не нападают на человека (мелкие тупорылые крокодилы, рыбоядные узкорылые крокодилы и др.), другие нападают систематически (гребнистый крокодил), третьи (нильский крокодил) бывают опасны лишь в некоторых местностях. Но степень их опасности значительно преувеличена. Определено, что за месяц в мегаполисе под колесами транспорта гибнет больше людей, чем за год во всем мире от зубов крокодила. А в настоящее время, когда большинство из этих рептилий находятся на грани вымирания, случаи нападений вообще единичны.

Нельзя забывать, что крокодилы играют важную роль в природных сообществах (биоценозах) тропических стран как хищники, регулирующие численность и состав популяций многих видов. Создаваемые некоторыми видами крокодилов искусственные водоемы и логовища используются многими видами организмов как среда жизни и убежища в периоды засух.

В последние десятилетия крокодил всячески подвергался преследованию со стороны человека по самым различным причинам. Чаще всего их добывают из-за ценной кожи, но в некоторых странах Индокитая мясо крокодилов используют в пищу. В США в 1960-е гг. (до введения запрета на промысел) ежегодно убивали до 50000 аллигаторов. В Бразилии, Перу и Колумбии с 1950 по 1970 гг. истреблено не менее 9000000000 очковых и черных кайманов. Численность природных популяций многих видов крокодилов в последние годы столь резко сократилось, что им угрожает полное вымирание. Косвенными причинами вымирания также служит нарушение среды обитания (вырубка тропических лесов, осушение болот, постройка дамб и создание систем водохранилищ). В ряде стран уже введены меры по охране природных популяций крокодилов – от ограничения до полного запрета промысла. 19 видов крокодилов внесено в Международную Красную книгу, 12 из них – на Красные листы, так как находятся на грани исчезновения.