Если судить по палеонтологическим находкам, изначально крокодилы были наземными животными. Возможно, когда-то давно эти рептилии могли перемещаться на двух ногах (правда, период этот был очень кратковременным). В пользу этого свидетельствуют удлинение проксимальных костей кисти передней конечности, а также строение таза и некоторые другие особенности. Однако со временем крокодилы вновь опустились на четыре лапы. В связи с этой особенностью анатомического строения на суше у них осталось два способа передвижения. При быстром передвижении тело рептилии приподнимается над землей, и она бежит на выпрямленных ногах, тогда как, если крокодил ходит достаточно медленно, его ноги широко расставлены и тело словно придавлено к земле.
Основной вехой на эволюционном пути крокодилов стало возвращение предков этих рептилий в водную среду. В ходе эволюции крокодилы все больше привязывались к воде, т. е. все больше осваивали новую для себя стихию. Процесс эволюционных преобразований можно проследить на примере увеличения вторичного твердого нёба. Изначально его образовывали только нёбные кости, как и у большинства наземных рептилий затем в состав вторичного твердого нёба вошли и крыловидные кости. Это изменение анатомического строения позволило образовать складку на внутренних отверстиях ноздрей, которая замыкает сзади полость рта, тем самым давая возможность крокодилу оставаться под водой с открытой пастью. Дышит при этом рептилия, выставив наружу только самый кончик морды с наружными ноздрями, поэтому его очень сложно заметить с суши. Воздух, минуя ротовую полость, попадает прямо в гортань рептилии.