Царь склонился на просьбу и объявил, что снова принимает власть, с тем что будет казнить изменников; при этом он сказал, что из государства и двора выделяет себе часть, которую назвал опричниной. Вслед за тем последовало определение тех волостей, городов и московских улиц, которые взяты в опричнину, Наконец, государь выбрал тысячу человек князей, дворян и детей боярских, которые все должны были иметь свои поместья в отведённых под опричнину волостях; всё остальное государство названо было земщиной и отдано под управление земских бояр. В 1574 г. во главе земщины, с титулом великого князя всея Руси (а после-тверского), поставлен был крещёный, под именем Симеона, касимовский царь Саип-Булат Бекбулатович. Земские бояре заведовали всеми текущими делами, но о разных вестях или великих земских делах докладывали государю. Многие подозреваемые в измене были казнены или сосланы в Казань. Значение опричнины верно и метко оценено С. М. Соловьёвым. По его представлению, Иван, заподозрив бояр, не мог прогнать их всех от себя и потому удалился от них сам, окружив себя новыми людьми, построив себе новый дворец, уйдя в Александровскую слободу.

Такое удаление государя от земли имело гибельные следствия, делающие понятною общую ненависть к опричникам. Новое обстоятельство ещё усилило подозрительность Ивана: литовский гонец привёз к московским боярам грамоты от короля и гетмана. Грамоты были перехвачены, от имени бояр посланы бранчливые ответы; за эту переписку поплатился жизнью конюший Челяднин с несколькими друзьями. В послании Грозного из слободы он осуждал обычай духовенства «печаловаться» за осуждённых; но самое серьёзное столкновение по этому вопросу возникло тогда, когда первосвятительскую кафедру занял соловецкий игумен Филипп, из рода Колычевых. Зная лично и уважая Филиппа, царь в 1567 г. предложил ему кафедру митрополита. Филипп, сначала отказывавшийся, согласился только под условием уничтожения опричнины.