Мысль о непрочности его положения с особенной силой овладела им в последние годы. До нас дошло его завещание, относимое к 1572 г., где он жалуется на то, что ему воздали злом за благо и ненавистью за любовь. Он предполагает себя изгнанным от бояр, «самовольства их ради». Мысль о непрочности своего положения Иван высказывал в сношениях с Англией, где на случай изгнания искал себе убежища. Даже любимый сын, царевич Иван, не миновал подозрительности царской. В 1581 г., во время величайших неуспехов русского оружия, между отцом и сыном произошло столкновение. Говорят, будто царевич указывал на необходимость выручки Пскова. Гневный царь ударил его жезлом; через четыре дня царевич умер.

Возвратимся к делам внешним. Падение Ливонского ордена поставило лицом к лицу державы, между которыми разделилось его наследство. Швеция, заключив союз о Россией, обратилась на Данию, а России пришлось столкнуться с Польшей. Сигизмунд Август, приняв во владение Ливонию, послал в Москву предложение вывести и русское, и литовское войско из Лифляндии. Из Москвы отвечали отказом. Попробовали завести сношения от имени епископа виленского и панов с митрополитом и боярами, но сношения кончились неудачей. Бояре, между прочим, указывали на то, что Москва есть вотчина великого государя, и делали сравнение между русскими государями «прирождёнными» и литовскими «посаженными». Ответы писаны, очевидно, самим царём. В переговорах и мелких столкновениях прошёл весь 1562 г., а в январе 1563 г. войско, предводимое царём, двинулось к Полоцку, который 15 февраля сдался. Очевидно, царь намерен был оставить его за собой: воеводам предписано было управлять, расспрося их здешние всякие обиходы; для суда избрать голов добрых из дворян, судить по местным обычаям; царь приказал поставить в Полоцке архиепископа. После взятия Полоцка пошли бесплодные переговоры, а в 1564 г.