В 1540 г. князь Иван Бельский был освобождён из тюрьмы и занял место Шуйского. При нём отдохнула земля: псковичам дана губная грамота, выпущен из заточения двоюродный брат великого князя, Владимир Андреевич; Шуйский был только послан с ратью к Владимиру. Власть Бельского была непродолжительна: в 1342 г. Шуйский, вызванный своими приверженцами из Владимира (говорят, что в заговоре участвовало 300 человек), заточил Бельского, который скоро был убит; митрополита свергли и едва не убили. Митрополитом был поставлен тогда знаменитый Макарий, бывший дотоле архиепископом в Новгороде. Этот учёный иерарх имея влияние на великого князя и развил в нём любознательность и книжную начитанность, которою так отличался впоследствии Иван.
Не долго правил князь Иван Шуйский; скоро место его заняли его родственники, князья Иван и Андрей Михайловичи и Фёдор Иванович Скопин. Прежние насилия продолжались: из государевых хором вытащили Воронцова, которого государь очень любил, били его по щекам и не умертвили только по просьбе Ивана, но сослали в Кострому, один из клевретов Шуйских дошёл до того, что, наступив на мантию митрополита, изодрал её. Новое появление Шуйских во власти ознаменовалось усилением власти наместников. Положение становилось невыносимым; составился заговор против Шуйских, во главе которого стали родственники великого князи, Глинские; заговор созревал долго; наконец в декабре 1543 г. Иван собрал бояр, объявил им, что знает, как многие участвовали и хищениях и неправдах, но теперь казнит только одного князя Андрея Шуйского, которого приказал схватить псам; те растерзали- его. Но правления на себя Иван не принял, а положился на Глинских и дьяка Захарова, в котором В. А. Белов основательно видит одного из главных деятелей этого времени.